目前，长江委编制完成的《长江流域综合规划修编任务书》已由水利部批复；在征求流域内各省意见基础上，建立了流域综合规划修编协商机制，成立了由长江委领导和流域内各省（自治区、直辖市）发改委、水利（务）厅（局）领导组成的协商会议制度，并设办公室、技术组负责日常工作组织协调和技术把关，形成了协商会议制度（征求意见稿）并已印发各省（自治区、直辖市）和委内各参编单位；印发了《长江流域综合规划修编工作大纲》（征求意见稿）；集中了专职规划修编工作人员开展规划修编工作。长江委高度重视长江流域综合规划修编工作，各项工作正紧张有序地顺利开展。
    为治理开发长江，在党中央和国务院的领导下，长江委早在1955年就开始进行长江流域综合规划工作，于1959年编制完成了《长江流域综合利用规划要点报告》。20世纪80年代，为适应当时经济社会发展要求，对《长江流域综合利用规划要点报告》进行全面修订，于1990年提出了《长江流域综合利用规划简要报告（1990年修订）》。多年来，在上述流域规划的指导下，长江流域综合治理开发取得了巨大成就。但《长江流域综合利用规划简要报告（1990年修订）》批准实施以来，尤其是进入新世纪以来，长江流域社会经济和水利发展发生了深刻变化，迫切需要对长江流域综合规划进行修编。
    作为长江流域综合规划修编的前期准备，由水利部安排，2003年长江委组织完成了《长江流域综合利用规划后评价报告》。长江委文伏波院士、郑守仁院士、洪庆余大师、陈德基大师和交通部梁应辰院士在2004年提出了尽快修订长江流域综合规划的倡议，温家宝总理对此作了重要批示，2005年初水利部在全国水利规划计划工作会议上提出了启动长流规修订工作，此后，长江委就长流规修编思路和前期准备开展了大量工作。
    2005年2月，长江委开始部署长江流域综合规划修编工作；2005年9月，提出了《长江流域综合利用规划修订思路报告》并报送水利部；2005年12月，水利部在北京主持召开了《长江流域综合利用规划修订思路报告》研讨会；在水利部和水规总院指导下，长江委在广泛调研和征求有关方面意见的基础上，于2006年5月提出了《长江流域综合规划修编任务书（讨论稿）》；2006年9月，长江委科技委组织对《长江流域综合规划修编任务书（讨论稿）》进行了咨询，长江委对《长江流域综合规划修编任务书（讨论稿）》进行了修改补充完善，形成了《长江流域综合规划修编任务书》（初稿），并于10月底编制完成了《长江流域综合规划工作大纲》（讨论稿）。2006年11月，长江委召开长江流域综合规划修编工作会议，参加会议的有流域内各省（自治区、直辖市）水利厅（局）、长江委有关部门等领导、专家、代表共计100余人，会议主要讨论《长江流域综合规划修编任务书》（初稿）和《长江流域综合规划工作大纲》（讨论稿），并达成了一致意见。
    2007年2月，长江委对《长江流域综合规划修编任务书》（初稿）和《长江流域综合规划工作大纲》（讨论稿）进行了修改和补充，并向水利部提交了《长江流域综合规划修编任务书》（送审稿）和《长江流域综合规划工作大纲》（送审稿）。6月，《长江流域综合规划修编任务书》在京通过水利部水规总院审查。7月，《长江流域综合规划修编工作大纲》（征求意见稿）及《长江流域综合规划修编工作大纲附表》汇总完成，并于8月发往流域内19个省（自治区、直辖市）。8月，《长江流域综合规划修编任务书》由水利部批复。
    本次长江流域综合规划修编的指导思想是：全面贯彻“以人为本，树立全面、协调、可持续”的科学发展观，以新时期水利工作方针和新时期治水思路为指导，把维护健康长江、促进人水和谐作为规划工作的主线；以为全面建设小康社会、构建和谐社会提供可靠的防洪安全、水资源、水环境保障为核心；按照建设资源节约型、环境友好型社会的要求，统筹考虑经济社会的发展要求与水资源、水环境的承载能力，处理好需要与可能、发展与保护等关系;充分利用已有规划和研究成果，认真研究防洪、灌溉与供水、维系优良生态与环境等社会公共利益和经济社会可持续发展的重点问题；协调好水资源开发、利用、治理、配置、节约、保护各部门的利益和矛盾；按照水资源和水环境承载能力，对经济社会发展布局提出合理的建议意见；努力减轻洪涝、干旱等灾害损失，进一步完善防洪减灾体系建设；切实保障城乡供水安全，合理开发、综合利用水资源，提升水利服务于经济社会发展的综合能力，进一步完善水资源综合利用体系建设；大力加强水土流失治理、水资源保护、水利血防建设，进一步完善水生态与环境保护体系建设；通过加强社会管理和公共服务管理规划，进一步提高水资源社会管理和公共服务能力和水平；推进流域水利政策法规建设，流域治理开发保护非工程措施建设，进一步完善流域水利管理体系。以水安全和水资源的可持续利用支撑经济社会的可持续发展。
    根据《长江流域综合规划修编任务书》的进度安排，长江流域综合规划征求意见稿将于2009年3月底前完成。经征求国务院有关部门和流域各省（自治区、直辖市）意见，于6月底前修改完成征求意见稿，且形成规划报告初稿提交长江委。10月经长江委审查和报告再次修改形成长江流域综合规划送审稿，并报送水利部。